Насколько я помню, Hibernate, как он есть, не поддерживает "пакетную обработку" для обнаружения классов вашего домена.
Но, учитывая, что вы интегрируете Hibernate с Spring MVC, вы можете аннотировать свои классы (стандартные аннотации JPA + Hibernate) и в своем файле конфигурации контекста Spring указать пакет, содержащий классы сущностей Hibernate. Вот как я настроил это в предыдущем проекте:
<bean id="sessionFactory"
class="org.springframework.orm.hibernate3.annotation.AnnotationSessionFactoryBean">
<property name="dataSource" ref="dataSource" />
<property name="packagesToScan" value="org.springmvc.domain" />
<property name="hibernateProperties">
<props>
<prop key="hibernate.dialect">org.hibernate.dialect.HSQLDialect</prop>
<prop key="hibernate.hbm2ddl.auto">update</prop>
<prop key="show_sql">true</prop>
<prop key="log_level">DEBUG</prop>
</props>
</property>
</bean>
Свойство packagesToScan определяет пакеты, которые Spring будет сканировать в Hibernate для обнаружения классов сущностей.