Это зависит от используемой вами технологии установки.
В MSI вы можете передать /passive switch команде msiexec, чтобы предотвратить любое взаимодействие;добавьте /norestart, чтобы предотвратить автоматическую перезагрузку системы.В случае MSI вы также можете использовать функции API установщика Windows для полной программной установки пакета.
Уровень интерфейса пользователя также можно контролировать из пакета MSI: от вообще никакого интерфейса пользователя до полноценного графического интерфейса, подобного мастеру.,Например, вы можете отобразить интерфейс мастера, когда пользователь устанавливает ваше приложение в первый раз;когда вы выполняете обновление, вы можете показать пользователю только прогресс или полностью скрыть пользовательский интерфейс.