Вам необходимо добавить «Файл настроек конфигурации» с ключами и значениями, которые вы хотите добавить / переопределить, например:
BUNDLE_NAME = custom
Затем в информационной панели проекта в разделе конфигурации необходимо выбрать конфигурацию для изменения и выбрать вновь созданный файл конфигурации.