Github позволит вам клонировать из обоих мест.Не должно быть никаких различий, но имейте в виду, что это не является нормальным стандартом для принятия удаленными git-репозиториями.На мой взгляд, было бы лучше использовать URI, который Github сообщает на сайте, который всегда включает расширение .git.Таким образом, вы можете быть более уверены, что нестандартное поведение не исчезнет в будущем.
Некоторые пользовательские клиентские приложения Git также принудительно добавляют .git в конец URL, если первый не найден, но сноваэто не стандартное поведение с обычным клиентом git.