Используйте команду postbuild (я использую subdir "release" в выводе)
mkdir "$(TargetDir)release\"
mkdir "$(TargetDir)release\bin\"
copy "$(TargetDir)*.*" "$(TargetDir)release\"
copy "$(TargetDir)*.dll" "$(TargetDir)release\bin\"
copy "$(TargetDir)*.pdb" "$(TargetDir)release\bin\"
del "$(TargetDir)release\*.pdb"
del "$(TargetDir)release\*.dll"
del "$(TargetDir)release\*vshost*.*"
В app.config затем:
<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<probing privatePath="bin"/>
</assemblyBinding>
</runtime>
Надеюсь, это поможет