Можно распаковать файл war, где вы получите только файлы классов и другие файлы свойств. Затем используйте Java-декомпилятор, чтобы увидеть исходный код, и он работает очень хорошо (не рекомендуется).
Кроме того, вы можете изменять файлы свойств без JD, и все, что вам нужно сделать, это просто изменить файлы свойств и снова перевести zip в файл war. Это будет работать.
Но я бы порекомендовал вам поддерживать исходный код в SVN или TFS или несколько копий с номерами версий в локальной системе в любой момент времени.