Запишите его на диск и при выполнении компиляции передайте имя файла для кода (и, когда вы не находитесь в режиме отладки, просто не пишите его и передайте '<string>'
в качестве имени файла).
См. Пример ниже:
from tempfile import mktemp
my_code = '''
a = 10
print a
'''
tmp_filename = mktemp('.py', 'temp_file_')
with open(tmp_filename, 'w') as f:
f.write(my_code)
obj = compile(my_code, tmp_filename, 'exec')
exec obj #Place breakpoint here: when stepping in it should get to the code.