FxCop - довольно параноидальный инструмент ... В этом случае, я полагаю, он пытается предупредить вас, что вы как-то меняете логику сравнения, и вы не должны забывать об изменении логики равенства при необходимости. Видите ли, метод CompareTo иногда возвращает 0, что должно соответствовать использованию Equals.
Если это не совсем ваш случай, и вы уверены, что вам не нужна какая-либо перегрузка ( пример в MSDN показывает, что вам также потребуется переопределить все другие операторы равенства). .. затем просто подавить предупреждение или отключить его.