Руководствуясь Lucene API Doc, вы должны придерживаться
IndexSearcher s = new IndexSearcher(mr);
В большинстве версий библиотеки Lucene использование конструктора IndexSearcher, принимающего подзаголовки (дополнительный массив IndexSearchders), помечается предупреждением, препятствующим их использованию,
IndexSearcher s = new IndexSearcher(mr,new IndexReader[]{r1,r2}....
помечено 'ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ. Этот API является экспериментальным и может измениться несовместимыми способами в следующем выпуске.' . Я предполагаю, что причина, по которой эти дополнительные опции конструкторов были введены для облегчения внутреннего подкласса Lucene, пожалуйста, обратитесь к комментариям к LUCENE-1925