wx.Window - базовый класс для всех виджетов (не обязательно всех windows - имя вводит в заблуждение).
wx.Panel - это подкласс wx.Window, который больше приспособлен для размещения в нем виджетов. Например, он по умолчанию позволяет перемещаться между виджетами с помощью «вкладки» и обрабатывает событие фокуса таким образом, который более полезен для дочерних виджетов.