В или для программной загрузки файла с использованием javascript в chrome вам (в настоящее время) нужен либо сервер, чтобы отменить загрузку, чтобы быть удовлетворенным искаженными именами файлов (используя blobbuilder; это звучит как то, что вы делаете), либо NPAPIПлагин (например, пользовательский .dll или Flash).
Если вы посмотрите на расширения скриншотов, самые популярные из них используют NPAPI.
Я планирую использовать NPAPI самостоятельно, но недошел до написания кода для всех 3 ОС.(Я являюсь разработчиком Smooth Gestures и получил много запросов на жест загрузки изображений)
Все это говорит о том, что постоянный процесс разработки доступа к файловой системе для javascript и нативный API могут стать доступными.Но я не задерживаю дыхание.