Зависит от того, какие у вас запросы. Принцип состоит в том, чтобы упорядочить документы так, чтобы в идеале можно было получить все, что вам нужно, в одном запросе.
С другой стороны, вам, вероятно, следует избегать перераспределения документов mongo, поскольку для обновления на месте недостаточно места. Вы можете сделать это, предварительно выделив достаточно места или выделив эту часто меняющуюся часть в свою собственную коллекцию.