Ну, вы выбрасываете МАНИФЕСТ из своих банок сторонних производителей, так что это может вызвать проблемы. Например, вы можете вызывать проблемы с безопасностью, выбрасывая атрибут «Запечатано».
Почему бы просто не создать простой установщик и скрипт для запуска приложения, которое правильно устанавливает CLASSPATH?