Не зная деталей того, почему вы делаете это, это скорее ограничивает потенциальные советы, но я думаю, что это так же хорошо, как это получится для вас, используя SVN. Git предназначен для такого рода вещей, но если вы не можете добавить несколько файлов в более крупный проект, то вы, конечно, не сможете изменить всю систему контроля версий.
Я бы хотел добавить эти файлы в ствол таким образом, чтобы у всех остальных они были, но они игнорировались. Например, у вас есть одно свойство в файле, которое изменяет ваш скрипт компоновки на эти файлы и игнорирует их для всех остальных.