Кто-то писал, что это было бы исправлено в обновлении Zend Studio в июне 2013 года, но я не установил его, установив обновление ...
Однако я заставил его работать, выбрав 1) Импортировать Git -> Проекты из Git 2) Импортировать как общий проект 3) Щелкните правой кнопкой мыши в PHP Explorer -> Настроить -> Добавить поддержку PHP.