По умолчанию все базы данных innodb в данной установке сервера mysql используют один и тот же физический пул файлов данных, поэтому, по-видимому, «удаление базы данных A» может повлиять на базу данных B. Поскольку «удаление базы данных», вероятно, повлечет за собой многократный перезапуск innodb файлы данных, возможно, что это операция блокировки, либо из-за интенсивности операции, либо из-за замысла.
Тем не менее, я думаю, что вы можете заставить каждую базу данных использовать разные физические файлы, хотя я сам не пробовал, поэтому вам придется выяснить особенности для себя. В противном случае вам может понадобиться использовать две разные установки mysql на одной машине, что вполне выполнимо.