Я хочу закодировать строку в Java с помощью таблицы кодовой страницы Microsoft Windows 1251 (Cyrl).
Вам не нужно «кодировать» строку.Когда вы переводите строку из / в байты, вам нужно декодировать / кодировать их.Таким образом, вы фактически кодируете двоичный массив.
byte[] cp1251encodedBytes = "your characters".getBytes(Charset.forName("Cp1251"));
Список поддерживаемых кодировок: http://download.oracle.com/javase/1.4.2/docs/guide/intl/encoding.doc.html
Обновление: обновлено до Charset.forName (), как прокомментировал Макдауэлл.