Если я правильно понимаю, вы хотите разрабатывать с Java 1.6 и развертывать в веб-контейнере Java 1.3. Это будет довольно сложно сделать. Вы можете использовать Retroweaver , чтобы ваши классы, скомпилированные с 1.6, были совместимы с 1.3. Вы даже можете использовать перечисления, дженерики и некоторые другие вещи.
Однако вы будете очень ограничены в том, какие системные и сторонние библиотеки вы можете использовать. Вы не можете использовать системные классы и методы, которых нет в 1.3 (обратите внимание, что в 1.4 и 1.5 появилось много полезных классов). То же самое относится к любым библиотекам, от которых вы зависите. И если они скомпилированы с версией более поздней, чем 1.3, вам также придется использовать Retroweaver. Не говоря уже о том, что вам нужна версия Tomcat, работающая на 1.3.
Скорее всего, будет сложно настроить и поддерживать это, если это возможно. И если вы развертываете их с сервисами, которые могут работать на 1.6, это также будет серьезно ограничивать их. Вам, вероятно, будет лучше с двумя проектами, один для 1.3 и один для 1.6. Тогда, однако, вам нужно, чтобы службы общались, например, с REST или RMI.