Если вы удаляете таблицы, значит, вы не «создаете слишком много». Очевидно, что каждая система имеет ограничения, поэтому «да» можно создать «слишком много таблиц». Но если вы говорите о 100 000 таблиц, созданных и уничтоженных с течением времени, то их "нет".
Например, во многих БД существует понятие «временной» таблицы, которая представляет собой не более чем таблицу, срок службы которой связан с жизнью соединения. Таким образом, эти таблицы создаются и уничтожаются регулярно.
Таким образом, использование обычной таблицы таким способом не должно быть проблемой.