Вероятно, это связано с тем, что некоторые настройки в Emacs относятся к терминалу , и манипулирование такими настройками в вашем файле инициализации повлияет только на терминал, который активен во время оценки файла инициализации.
Следующий Q + A имеет дело почти с той же проблемой и углубляется в детали:
Запустить команду на новом фрейме с демоном / клиентом в Emacs
Для вашей проблемы, я думаю, это должно сработать:
(defun my-terminal-config (&optional frame)
"Establish settings for the current terminal."
(if (not frame) ;; The initial call.
(xterm-mouse-mode 1)
;; Otherwise called via after-make-frame-functions.
(if xterm-mouse-mode
;; Re-initialise the mode in case of a new terminal.
(xterm-mouse-mode 1))))
;; Evaluate both now (for non-daemon emacs) and upon frame creation
;; (for new terminals via emacsclient).
(my-terminal-config)
(add-hook 'after-make-frame-functions 'my-terminal-config)