После прочтения документации кажется, что свойство rootViewController относится к iOS SDK 4.0, а addSubview - начиная с iOS SDK 2.0.
Я пробовал использовать их оба, и похоже, что они делают одно и то же,Поэтому, я полагаю, если вы хотите поддерживать iDevices <4.0, вам следует использовать метод [<code>self.window addSubview:controller.view].