Возможно, это не то, что вам нужно, но это может дать некоторые идеи в правильном направлении.
Administrator@snadbox3 ~
$ cd c:/tmp
Administrator@snadbox3 /cygdrive/c/tmp
$ cat <<-eof >foo.txt
> foo
> abc
> dfg
> foo
> hik
> lmn
> eof
Administrator@snadbox3 /cygdrive/c/tmp
$ awk '/^foo$/{++fooCount; print($0 "_" fooCount);} /^ /{print}' foo.txt
foo_1
abc
dfg
foo_2
hik
lmn
EDIT:
Я опоздал на день и снова на пенни; - (
РЕДАКТИРОВАТЬ2:
Кодировка символов - это еще одна вещь, которую нужно искать ... Исходный код Java не обязательно находится в кодировке системы по умолчанию ... он выходит из кодировки UTF-8, чтобы разрешить любые встроенные "объекты более высокого порядка" ;-) Многие * Утилиты nix по-прежнему не поддерживают кодировки.