У меня была такая же проблема при использовании плагина maven-processor-plugin, и я обнаружил, что решение было настроить плагин maven-compiler следующим образом:
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-compiler-plugin</artifactId>
<version>2.1</version>
<configuration>
<source>1.6</source>
<target>1.6</target>
<compilerArgument>-proc:none</compilerArgument>
</configuration>
</plugin>
-proc: none означает, что компиляция происходит без обработки аннотации и, следовательно, нет повторяющихся классов (которые обычно создаются на этапе создания источников)
Надеюсь, это поможет.