Я не смог найти ни одного согласного универсального ответа на этот вопрос.Создание пользователя и сохранение в этом домашнем каталоге кажется мне разумным.
Другая философия заключается в том, что это должно быть общесистемное расположение, и за этим тоже стоит разумная логика, особенно если в системе несколько администраторов.
Моя практика - установить Apache через RPM-пакеты (в CentOS Linux) и развернуть приложения Rails в каталоге Apache по умолчанию /var/www/application_name
.