Я думаю, что ваша проблема может быть здесь:
int newRowIndex = [listOfConjProcedures indexOfObject:item];
У этого не будет индекса, если вы уже не добавили его в массив, но в следующей строке вы добавите его в массив,так что это не имеет смысла.
Я думаю, что вы, следовательно, добавляете строку с индексным путем 0, NSNotFound, что приведет в замешательство табличное представление.Либо используйте счетчик массива в качестве индекса строки, либо вставьте новую строку в начало (0,0) таблицы (и в индекс 0 массива).