Если вы можете использовать более высокий z-индекс при автозаполнении ввода текста, то это решение вашей проблемы.
Список опций jQuery UI Autocomplete вычисляет значение z-index, беря z-index текстового ввода, к которому он присоединен, и добавляет 1 к этому значению.
Таким образом, вы можете задать z-индекс 999 для ввода текста, автозаполнение будет иметь значение z-index 1000
Взято из http://bugs.jqueryui.com/ticket/5489
<input type="text" class="autocomplete" style="z-index:999;" name="foo">