Будь то программа, изображение, видео или любая другая вещь, это файл. Так что да, вы можете использовать C # для шифрования любого типа файла. Вот статья о том, как шифровать и дешифровать файлы.
Прежде чем вы действительно попробуете что-либо, что станет коммерческим продуктом, я предлагаю вам изучить криптографию, чтобы предотвратить возможные ошибки при внедрении.
Часто говорят, что уязвим не криптографический алгоритм, а его реализация.
Также есть много вопросов, которые задаются сами по себе о шифровании / дешифровании.