Это действительно основанная на CUPS lpr, или это остаток другой системы спулинга, которая не была удалена перед установкой CUPS?
Проверьте это, запустив ldd $(which lpr) и посмотрите, есть ли какая-либо ссылка на libcups.
Кроме того, полная команда должна быть:
lpr -P printername file.pdf
Для правильно и полностью установленного CUPS вам не нужно указывать тип файла, который вы отправляете на печать. Он автоматически вводит ввод и применяет правильные фильтры преобразования, чтобы сделать его доступным для целевого принтера.