Одно большое отличие состоит в том, что среда выполнения автоматически сохраняет словарь PhoneApplicationService.State , когда приложение захоронено.Если вместо этого в App.xaml.cs есть глобальные переменные, вам придется самостоятельно сохранять и восстанавливать эти данные.
Мне неизвестно о каких-либо последствиях для производительности одного метода по сравнению с другим,но поскольку вы сами обрабатываете сериализацию данных в случае глобальных переменных, производительность будет столь же хорошей (или плохой), как и код, который вы пишете для выполнения сериализации.