Все сертификаты проверяются центром сертификации (CA).
В вашем случае я подозреваю, что вашему ЦС не доверяют. Запустите MMC и добавьте менеджер сертификатов для вашего локального компьютера. Se под Trusted Root CA (не помню точное слово).
Самоподписанные сертификаты означают, что CA сертификата совпадает с самим сертификатом.
Также поймите, как вы можете использовать сертификаты: используете ли вы их для идентификации своих клиентов или для целей шифрования транспортного уровня с помощью SSL?
Если вы хотите использовать сертификаты для множества разных клиентов, я настоятельно рекомендую вам ознакомиться с общедоступными услугами PKI от таких компаний, как Verisign