Домены приложений - это способ изолировать код .NET в системе.Процессы являются механизмом операционной системы для изоляции.В какой-то степени вам придется отказаться от тонкостей кода .NET и вручную управлять передачей данных между процессами.
Проверьте класс Process .Похоже, вам нужно либо скомпилировать код в .exe, либо создать хост .exe в .NET, который загружает ваш код.Последнее кажется лучше, поскольку вы можете просто написать хост один раз, а затем написать стандартный код связи с этим хостом.
Вы не предоставляете много информации о ваших конечных целях, но последние версии .NET предоставляют различные API подключаемых модулей , которые могут быть полезны для быстрого просмотра.