Используете ли вы Gnome, KDE или какую-либо другую среду рабочего стола?
Поскольку Kate - это программа KDE, она использует виджеты KDE и настройки темы / цвета KDE. Если вы используете KDE, вы можете изменить их в настройках системы. Если вы используете Gnome, вам, вероятно, придется установить программу системных настроек KDE (я считаю, что это просто называется «systemsettings») и настроить ее там.