По сути, вы говорите о Visual C ++ . Что касается использования командной строки, если у вас есть работающая программа, вы можете просто использовать что-то вроде:
cl MyProgram.cs /clr
с любыми другими соответствующими опциями, и будьте готовы к работе. Если это не поможет, задайте более конкретный вопрос.