Попробуйте установить следующие значения конфигурации:
CKEDITOR.config.enterMode = CKEDITOR.ENTER_BR;
CKEDITOR.config.shiftEnterMode = CKEDITOR.ENTER_P;
Убедитесь, что вы очищаете кеш браузера, когда изменяете их, поскольку изменения могут не регистрироваться автоматически.