array_push
эквивалентно добавлению элемента в массив. Вы можете переписать строку
array_push($this->_bindParams, &$this->_where[$prop]);
до
$this->_bindParams[] = & $this->_where[$prop];
в вашем случае.
Ошибка E_DEPRECATED является предупреждением, кстати. Передача по ссылке еще возможна. Чтобы избежать предупреждения, вы можете использовать его с помощью этого неуклюжего обходного пути:
call_user_func_array("array_push", array(&$this->_bindParams, &$this->_where[$prop]));
(тогда на самом деле нужно передать по ссылке для обоих параметров.)