Файл Jar, по сути, представляет собой zip-архив, содержащий скомпилированный Java-байт-код в виде объектных файлов и другие ресурсы, необходимые для приложения.Так что да, вы должны иметь возможность редактировать jar-архив с помощью zip-библиотеки в вашем .NET-приложении.В зависимости от того, что вам нужно сделать, это может быть более или менее сложно (например, замена файла ресурсов может быть довольно простой).