Метод, который вы используете для аутентификации, будет влиять на то, как вы можете это сделать.
Если вы используете Integrated Security (Windows auth), то одним из способов может быть запуск ваших тестов WatiN, когда другие пользователи Windows используют олицетворение.
Если вы используете проверку подлинности с помощью форм, то вы можете просто использовать WatiN для входа в систему от имени разных пользователей, потому что это просто "чистый веб" POST / GET.