Если у вас небольшое количество пар ключ / значение, а значения не велики, реестр велик - и вас не волнует развертывание xcopy - тогда используйте реестр (я знаю, что это не точно, но это обычно очевидно при работе с реестром становится больно).
Если вы хотите развернуть xcopy, данные должны находиться в той же папке, что и программа, но программа может находиться где-то в папке AppData, она не обязательно должна находиться в «программных файлах».
Используйте изолированное хранилище только тогда, когда оно вам нужно или нужно - например, ClickOnce.
В противном случае используйте AppData \ Roaming, используйте Local или LocalLow, только если у вас есть веская причина.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Вот разница между роумингом, Local и LocalLow:
В Windows имеется малоизвестная функция, называемая «перемещаемыми профилями», общая идея которой заключается в том, что в корпоративной среде с этой функцией любой пользователь может использовать любой компьютер.
Когда пользователь входит в свои личные настройки, загружаются с сервера и когда он выходит из системы, его настройки загружаются обратно на сервер (фактический процесс, очевидно, более сложный).
Файлы в пользовательской папке «Roaming» в Vista или «Application Data» в XP перемещаются вместе с пользователем - поэтому любые настройки и данные должны храниться там.
Файлы в разделах «Local» и «LocalLow» в Vista и «Local Settings» в XP этого не делают, поэтому это хорошее место для временных файлов, вещей, привязанных к конкретному компьютеру, или данных, которые можно пересчитать.
В Vista, как часть новых функций безопасности, которые мы все знаем и любим, у вас могут быть программы, запущенные в «режиме низкой целостности» (например, IE в защищенном режиме), эти программы работают с ограниченными привилегиями и не могут доступ к файлам в профиле пользователя - за исключением файлов в папке «LocalLow».
Итак, в заключение, файлы, хранящиеся в «LocalLow», изначально небезопасны, а файлы в «Local» / «Local Settings», скорее всего, будут недоступны в некоторых крупных компаниях - поэтому, если у вас нет веских причин и точно знать, кто вы происходит с «Роуминг» / «Данные приложения».