На этой строке:
<Border CornerRadius="2,2,2,2" HorizontalAlignment="Center" x:Name="borderTemplate" Background="Transparent">
Вы фиксируете фон кнопки прозрачным. Он больше не связан со свойством Background элемента управления Button, поэтому изменение этого свойства больше не распространяется на стиль.
Если вы используете привязку «TemplatedParent», это позволит вам снова установить связь между элементом управления и его стилем - например, так:
<Border CornerRadius="2,2,2,2" HorizontalAlignment="Center" x:Name="borderTemplate" Background="{Binding RelativeSoure={RelativeSource TemplatedParent}, Path=Background}">
И тогда вы можете установить фон кнопки:
<Button Name="button1" Background="Transparent" ..... />