Для управления используйте класс ServiceController, как указано другим.
Чтобы ваш сервис делал что-то особенное, контролируемое вашим приложением, вы должны настроить своеобразное общение. Я бы посоветовал вашему сервису прослушивать определенный порт для http-запроса, который может быть обработан довольно легко, поэтому ваш сервис может контролироваться любым приложением, даже javascript ajax. Если нежелательно, добавьте некоторые меры безопасности, такие как авторизация.