Если вы используете версию IIS, предшествующую WAS (5 или 6), службы Windows могут быть вашим лучшим (только?) Хорошим выбором для размещения служб WCF, которые взаимодействуют через именованные каналы или netTCP (что-либо кроме HTTP) .
В 3-м издании по программированию служб WCF (ссылка) Лоуи предлагает использовать Windows Server AppFabric в некоторых ситуациях, а в некоторых случаях предлагает самостоятельное размещение - когда необходимо использовать служебную шину, а IIS 7.5 недоступен, для пример. На страницах 22 и 23 показана пара простых диаграмм, помогающих определить, когда использовать собственный хостинг через IIS, WAS или AppFabric. Я думаю, что первая глава (возможно, больше) доступна бесплатно, если вы получите образец Kindle.
Кроме этих сценариев, я не уверен, почему вы когда-нибудь захотите выбрать какой-либо вид хостинга вместо WAS. Мне любопытно посмотреть, если у кого-то есть веские причины.