Какова общая структура приложения веб-приложения, такая как структура папок WEB-INF, исходные файлы, web.xml?
Также краткое описание этих файлов будет полезно?
Также есть несколько папок WEB-INF в приложении, и если да, то почему?
Читать часть учебника по Java EE о веб-приложениях .
Информацию, которую вы ищете, можно найти в руководстве J2EE .