Я точно не знаю, ищите ли вы это, но лично мне нравится выполнять все не связанные с безопасностью модификации php.ini через настройки виртуального хоста apache, например, виртуальный хост разработки:
ServerName sb.local
ServerAlias sb.local
DocumentRoot /srv/some-site
php_value session.cookie_domain "sb.local"
php_value date.timezone "America/New_York"
php_value mbstring.func_overload 7
php_value default_charset "utf-8"
AddDefaultCharset utf-8
php_value session.gc_maxlifetime "990000"
php_value error_reporting 30711
# 30711 = E_ALL ^ E_NOTICE
php_value display_errors "On"
php_value display_startup_errors "On"
php_value log_errors "On"
php_value html_errors "On"
и т.д.