Вот грубое решение, оно может иметь ошибки в угловых случаях, поэтому протестируйте его внимательно:
/<!--/ {
comment = $0
getline
if ($0 !~ /<env-entry>/) print comment
}
/-->/ {
if (last_line ~ /<\/env-entry>/) next
}
{
last_line = $0
print
}
ОБНОВЛЕНИЕ: я забыл упомянуть, что решение в AWK, на всякий случай.