Я думаю, вам не хватает addStoreFilter.Вот код, который я использую, чтобы сделать нечто подобное:
$storeID = '##'; // replace ## with the numerical id of the store (i.e. 1, 2, 20, 100, etc.)
Mage::app();
Mage::app()->setCurrentStore($storeID);
$products = Mage::getModel('catalog/product')->setStoreId($storeID)->getCollection();
$products->addStoreFilter($storeID);
$products->addAttributeToFilter('status', 1);//enabled
$products->addAttributeToFilter('visibility', array('in'=>array(2,3,4)));//catalog, search
$products->addAttributeToSelect('*');
$prodIds=$products->getAllIds();