Установка ActiveMQ дает вам все необходимое для автономной работы брокера, просто запустив activemq.bat в каталоге bin. Это просто хороший способ упаковки приложения, а не просто предоставление вам некоторых jar-файлов.
Если вы хотите запустить посредник внутри Java-программы, вам просто нужно включить jar для посредника, и вам больше не нужно будет использовать каталог установки.