Убедитесь, что вы установили правильные AutoresizingMasks для ваших UIViews. Например, может случиться так, что ваша кнопка имеет y-координату, которая больше ширины устройства и имеет маску с фиксированным верхним изменением размера, поэтому, если вы переключите устройство в альбомный режим, оно будет обрезано. Делать это ...
button.autoresizingMask = UIViewAutoresizingFlexibleTopMargin;
... приведет к уменьшению верхнего поля кнопки при перемещении по экрану.
В своем комментарии вы упомянули, что это приложение с разделенным видом, если ваша кнопка находится в корневом контроллере представления разделенного представления, вам, вероятно, следует добавить поддержку восстановления корневого контроллера представления как всплывающего окна.