Возможно, потому что вы используете KeyListener для прослушивания клавиши Enter, а затем для очистки текста.Ну, JTextPane имеет действие, которое добавляет символ новой строки при нажатии клавиши Enter, и это происходит после того, как вы очистите текстовую панель.
Правильное решение состоит в том, чтобы использовать привязки клавиш и заменить действие по умолчанию действием,очищает текстовую панель.