ASP.NET использует shadowcopy для dll в папке bin, чтобы вы могли скопировать новый набор dll и контента на сервер без блокировки этих файлов. Итак, dlls и web.config не проблема.
Проблема будет заключаться в том, чтобы процесс, выполняющий ваш сайт ASP.NET, имел доступ на запись в файловую систему. Это вообще плохая идея. Вам следует рассмотреть возможность передачи этой функции «автоматического обновления» в руки службы, которая может работать на вашем веб-сервере.
Проверьте это ...
http://www.odetocode.com/articles/305.aspx
... «Что программисты ASP.NET должны знать о доменах приложений», но серьезно подумайте о последствиях того, что вы предлагаете для безопасности. Как вы будете мешать кому-то загружать злой код на ваш сайт?