Когда я выполняю следующую строку в CMD, она не удаляет скрытые файлы.Что не так с этой функцией?
For /r %%i in (*.mta) do del "%%i"
Не делайте это в цикле.
del /S /A:H <folder_name> *.mta
рекурсивно удаляет в подпапках со скрытыми атрибутами; help del в cmd даст вам больше возможностей.
help del